Em 2000, o Ministério da Justiça, por intermédio da Secretaria Nacional de Justiça, criou o Central Nacional de Apoio e Acompanhamento (CENAPA), cujo objetivo era realizar as ações necessárias ao desenvolvimento da aplicação das Penas Alternativas em âmbito nacional. Coube a ela firmar convênios com os Estados, junto às Secretarias de Estado e Tribunais de Justiça, fornecendo verba para a estruturação física de Centrais e ampliação de pessoal, através de contratação, para o acompanhamento das Penas e Medidas Alternativas.

As Centrais da Comarca da Capital estão instaladas na Vara de Execuções Penais e formam uma Divisão (a DPMA) dentro do Departamento de Controle de Execuções Penais (DPCE) da VEP. Esta Divisão se subdivide em dois serviços: A Central de Penas Alternativas e a Central de Medidas Alternativas.

A Central de Penas Alternativas acompanha a execução de SURSIS e das penas restritivas de direito previstas na legislação penal, encaminhadas pelo meio da Carta de Execução de Sentença (CES), na maior parte oriundas das Varas Criminais da Comarca da Capital, ou encaminhadas através de Carta Precatória.

Já a Central de Medidas Alternativas foi criada para monitorar a execução das penas alternativas aplicadas de forma antecipada, em sede de transação penal (art.76 da Lei 9099/95), bem como das medidas de tratamento, impostas em sede de suspensão condicional do processo (art.89 da Lei 9099/95). O encaminhamento, nestes casos, é feito através da Guia de Medida Alternativa (GMA), originária, em grande parte, dos Juizados Especiais Criminais.